1- اداره امور بندری و امور دریایی بازرگانی کشور.
2- ایجاد و تکمیل و توسعه ساختمان‌ها و تاسیسات و تعمیرگاه‌های بندری و دریایی بازرگانی و وسایل و تجهیزات مربوطه و بهره‌برداری از آنها.
3- تهیه و تنظیم و اجرای مقررات بندری و دریایی و دریانوردی بازرگانی طبق قوانین مربوطه .
4- تنظیم امور مربوط به راهنمایی کشتی ها با تصویب شورایعالی سازمان .
5- اداره امور تخلیه و بارگیری و حمل و نقل کالا در محوطه بنادر و انبارداری در بنادر کشور ( در بنادری که سازمان دارای اداره یا شعبه است ).
6- اداره شبکه‌های مخابراتی ( رادیویی – تلگرافی ، تلفنی ، تله تایپ و غیره ) در دریا و خشکی برای تماس با کشتی‌ها و بنادر تابعه و تهیه و تامین وسایل مربوطه با همکاری وزارت پست و تلگراف و تلفن.
7- نظارت کامل در امور کشتیرانی ساحلی و بازرگانی و مجاهدت در توسعه آنها و تامین ایمنی عبور و مرور و انجام هر نوع اقدامی که در پیشرفت و توسعه فعالیت کشتیرانی‌های بازرگانی و ساحلی لازم است.
8- اداره و برقرار نمودن علائم و وسایل روشنایی دریایی و رودخانه‌ای برای تامین ایمنی عبور و مرور کشتی‌ها و شناورها .
9- ثبت کشتی‌ها و شناورهای بازرگانی و تفریحی و غیره دارای تابعیت کشور و اجرای مقررات مربوطه .
10- اعطای گواهینامه‌های صلاحیت فنی، دریایی و غیره به افراد واحدهای دریایی طبق مقررات مربوطه .
11- وصول حقوق و عوارض بندری ، رودخانه‌ای و حق تخلیه و بارگیری و باربری و انبارداری و سایر درآمدهایی که بر طبق مقررات مربوطه بوسیله سازمان یا سایر سازمان‌های دولتی برای سازمان وصول می‌شود.
12- اجرای قانون دریایی ایران و انجام وظایف مقرر در قانون راجع به اجازه تاسیس سازمان بنادر و کشتیرانی و سایر قوانین مربوط.
13- تعیین نحوه استفاده و نرخ بهره‌برداری از تاسیسات آن تجهیزات بندری واموال منقول و غیرمنقول سازمان و اجرای آن پس از تصویب شورایعالی.
14- تحقیق و مطالعه در امور بندری و دریایی و دریانوردی بازرگانی.
15- تهیه و تنظیم برنامه سال بعد و همچنین برنامه‌های دراز مدت و اجرای آنها پس از تصویب شورایعالی سازمان.
16- بررسی طرح موافقت نامه‌ها و قراردادهای بین‌المللی مربوط به امور بنادر و دریانوردی بازرگانی جهت تقدیم به مراجع مربوطه .
17- عضویت در سازمان‌های بین المللی مربوطه به بنادر و دریانوردی با موافقت شورایعالی سازمان و تصویب مجلس شورای اسلامی .
18- شرکت در کنفرانس‌ها و مجامع بین‌المللی مربوط به بنادر و دریانوردی.
19- تعیین منطقه آزاد در صورت لزوم و تهیه مقررات و شرایط استفاده از آن با موافقت شورایعالی سازمان و تصویب مجلس شورای اسلامی .
20- در اختیار گرفتن و اداره خطوط راه‌آهن از سوزن ورودی تا سوزن خروجی محوطه بندر و همچنین دارا بودن واگن‌ها و لکلودیزل‌ها و وسایل مربوط به آنها و وسایل ضروری دیگر جهت تامین تخلیه و بارگیری برای حمل به انبارهای سرباز و سرپوشیده .
21- تاسیس آموزشگاه تعلیم راهنمایان و یا کارکنان دریانوردی بازرگانی و اعزام دانشجو برای تحصیل در رشته‌های تخصصی به خارج از کشور با توجه به احتیاجات سازمان .
22- صدور اجازه تاسیس اسکله و سایر تاسیسات و تجهیزات ضمن تصویب طرح مربوط به داشتن حق نظارت در اجراء و بهره‌برداری .
23- صدور اجازه تاسیس دفتر ، خانه ملوانان ، رستوران و انبار و سایر تاسیسات لازم به درخواست متقاضیان صلاحیت دار، سازمان می‌تواند با توجه به امکانات خود در بنادر ، زمین برای تاسیسات مزبور از طریق اجاره واگذار نماید .
24- واگذاری آن قسمت از خدمت سازمان که انجام آن از طرف بخش خصوصی به صرفه و صلاح می‌باشد به موسسات خصوصی واجد صلاحیت.
25- اهتمام در پایین آوردن نرخ کرایه حمل کالا به بنادر ایران با تجهیز بنادر و تسریع در امر تخلیه و بارگیری و از بین بردن مدت انتظار نوبت کشتی‌ها به منظور کمک به اقتصاد کشور .